La ubicación actual de La Habana, así como su bahía natural, fueron visitadas por primera vez por los españoles durante la circunnavegación de la isla por parte de Sebastián de Ocampo (es) en 15097. Poco después, en 1510, llegaron los primeros colonos españoles.
De la Española y comenzó la conquista de Cuba. El conquistador Diego Velázquez de Cuéllar fundó La Habana el 25 de agosto de 1515 en la costa sur de la isla, cerca de la ubicación actual de la ciudad de Surgidero de Batabanó.
Entre 1514 y 1519, la ciudad conocía al menos dos posiciones diferentes.
Todos los intentos de fundar una ciudad en la costa sur han fracasado. La ubicación de la ciudad estaba cerca de un puerto en la entrada al Golfo de México, lo que garantiza un fácil acceso a la Corriente del Golfo, la principal corriente oceánica seguida por los navegantes en viajes desde América a Europa. Esta ubicación llevó al desarrollo temprano de La Habana como el puerto principal en las colonias españolas del Nuevo Mundo.
Un mapa de Cuba, dibujado en 1514, muestra que la ciudad se encuentra en la desembocadura del río Onicaxinal (ahora Río Mayabeque), también ubicada en la costa sur de Cuba. Otra ubicación fue La Chorrera, ahora ubicada en el distrito de Puentes Grandes, cerca del río Almendares. El asentamiento definitivo de La Habana, conmemorado por el monumento El Templete (es), corresponde a la sexta ciudad fundada por los españoles en la isla, llamada San Cristóbal de la Habana por Pánfilo de Narváez: el nombre se asocia a San Cristóbal, santo Patrón de La Habana, y Habana, una palabra cuyo origen proviene del cacique taino Habaguanex, el nombre del jefe de la tribu que controlaba la región, como menciona Diego Velásquez en su informe al rey de España. Una leyenda cuenta que Habana fue el primer nombre de la hija de Habaguanex4, pero ninguna fuente histórica corrobora esta versión.